Pengadilan Negeri Balikpapan berkantor di sebuah gedung, yang pada mulanya dibangun pada tahun 1978, diatas tanah seluas 3.647 M2, terdiri dari dua lantai, dengan luas bangunan seluruhnya 1.202 m2, terletak di Jalan Jenderal Sudirman No.788 Balikpapan yaitu jalan utama menuju Bandara Sepinggan, Dan mulai difungsikan /dipergunakan pada tanggal 13 Desember 1978, pada tahun 2008 Pengadilan Negeri Balikpapan mendapatkan dana untuk pembangunan kantor baru Pengadilan Negeri Balikpapan melalui DIPA secara bertahap, dan sampai tahun 2011 Pembangunan Gedung baru kantor Pengadilan Negeri Balikpapan baru mencapai IV tahap.
Sebagai Kantor yang kedudukannya berada di kota pintu gerbang Kalimantan Timur, keberadaanya menjadi sangat strategis/diperlukan bagi pelayanan tamu dari pusat yang hendak melakukan tugas/ dinas ke daerah baik yang akan menuju ke Ibu kota propinsi (Samarinda) maupun kedaerah Kabupaten lainnya seperti Kutai Kartanegara, Pasir, Sangata dan Bontang, Dan bahkan tidak jarang event-event pusat yang dilaksanakan di Kota Balikpapan, sebab itu Balikpapan juga sebagai kota “MICE’ (MEETING INCENTIVE CONFERENCE AND EVENTS).
Dipilihnya kota Balikpapan sebagai pelaksanaan event-event pusat disebabkan kota Balikpapan adalah merupakan salah satu kota di Indonesia yang memiliki sarana pelabuhan udara (Bandara Sepinggan Balikpapan) yang bertaraf internasional, disamping itu juga sarana dan prasarana (Hotel-Hotel berbintang dan toko-toko Swalayan/Mool) cukup memadai.
Dengan berkembangnya Kota Balikpapan sebagai kota industri perdagangan dan jasa, juga sebagai kota kolektor dan distributor, banyak instansi BUMN seperti Pertamina, Telkom, PLN, Pos dan Giro, Astek yang memiliki kantor Wilayah di Kota Balikpapan.
Disamping berkembangnya sektor Swasta dan Pemerintahan yang terpusat di Balikpapan seperti Kodam VI Tanjung Pura dan juga sebagian unsur Muspida Tk.I yang berkedudukan di Balikpapan seperti Polda Kal.Tim, juga Lannal dan Lannud, Kotamadya Balikpapan juga dikenal sebagai kota minyak, karena di daerah ini terdapat Pertambangan dan Pengelolaan Minyak, oleh karenanya ada beberapa perusahaan kontraktor asing seperti Total Indonesie, Union Oil (CHEFRON), VICO, dll. dan ada beberapa perusahaan asing yang bergerak di bidang Jasa Pengadaan Alat & Konstruksi berat seperti Volvo, Reman, dll, yang mana karyawannya sebagian berasal dari berbagai Negara (Australia, Belanda, Amerika Serikat, Swedia, Inggris, Perancis, Jepang, Philipina, Cina, Malaysia, Singapura, dll).
Dengan warga yang hampir seluruhnya pendatang dari berbagai suku bangsa baik dalam Negeri maupun Luar Negeri, maka perkara yang ditangani Pengadilan Negeri Balikpapan pun menjadi beragam ( tidak hanya warga Negara Indonesia saja yang berperkara tetapi juga menyangkut Warga Negara Asing) ;-
Berangkat dari kondisi Sosilogis dengan posisi geografis yang sangat strategis dari kota Balikpapan tersebut, Maka pada Tahun 2000 – Oleh Menteri Kehakiman Status Pengadilan Negeri Balikpapan dinaikkan klasnya yang semula klas IB menjadi Klas IA